eu-LISA și-a început activitatea în decembrie 2012. Ea asigură gestionarea operațională a Sistemului de informații Schengen de a doua generație (SIS II), a Sistemului de informații privind vizele (VIS) și a Sistemului european pentru compararea datelor dactiloscopice ale solicitanților de azil (EURODAC). Principala sa sarcină operațională este aceea de a asigura funcționarea non-stop a acestor sisteme.