EMST veikia nepriklausomai nuo Europos teisėkūros ir vykdomųjų institucijų (Komisijos, Tarybos, Parlamento) ir ES valstybių narių. Ji įsteigta 2002 m. po kelių paskutinį XX a. dešimtmetį viena po kitos įvykusių maisto saugos krizių. Tarnybos paskirtis – teikti mokslines konsultacijas ir informaciją apie su maisto grandine susijusią riziką.