La EFSA funciona con independencia de las instituciones ejecutivas y legislativas europeas (Comisión, Consejo, Parlamento Europeo) y de los Estados miembros de la UE. Creada en 2002 a raíz de una serie de crisis alimentarias aparecidas a finales de los noventa, proporciona dictámenes científicos e informa sobre los riesgos relacionados con la cadena alimentaria.