L’EFSA est indépendante des institutions européennes qui élaborent et appliquent la législation européenne (Commission, Conseil et Parlement), ainsi que des États membres de l’UE.  Créée en 2002 à la suite des crises alimentaires survenues dans les années 1990, elle fournit des avis scientifiques et informe sur les risques associés à la chaîne alimentaire.