EFSA djeluje neovisno o europskim zakonodavnim i izvršnim institucijama (Komisija, Vijeće, Parlament) i državama članicama EU-a. Uspostavljena je 2002. nakon niza prehrambenih kriza krajem 1990-ih da bi davala znanstvene savjete i komunicirala o rizicima povezanima s prehrambenim lancem.