EFSA działa niezależnie od europejskich instytucji prawodawczych i wykonawczych (Komisja, Rada, Parlament Europejski) oraz państw członkowskich UE. Została ustanowiona w 2002 r. w odpowiedzi na szereg kryzysów żywnościowych pod koniec lat 90. XX w. jako organ odpowiedzialny za dostarczanie porad naukowych i informacji na temat zagrożeń związanych z łańcuchem dostaw żywności.