A AESA funciona de forma independente das instituições europeias com poder legislativo e executivo (Comissão, Conselho, Parlamento Europeu) e dos Estados-Membros da UE. Foi criada em 2002, na sequência de uma série de crises alimentares registadas nos finais dos a década de noventa, para funcionar como um centro de assessoria científica e de comunicação sobre os riscos associados à cadeia alimentar.