ЕОБХ работи независимо от европейските законодателни и изпълнителни институции (Комисия, Съвет, Парламент) и държавите от ЕС. Създаден е през 2002 г. след поредица от свързани с храните кризи в края на 90-те години на ХХ век с цел да бъде източник на научна информация и комуникация относно рисковете, свързани с хранителната верига.