EFSA strādā neatkarīgi no Eiropas likumdošanas un izpildvaras iestādēm (Komisija, Padome, Parlaments) un ES dalībvalstīm. To izveidoja 2002. gadā pēc vairākām pārtikas krīzēm, kas izcēlās 1990. gadu beigās. Tā sniedz zinātniskus atzinumus un informē par riskiem, kas saistīti ar pārtikas aprites ķēdi.