Agencija deluje neodvisno od evropskih zakonodajnih in izvršilnih institucij (Evropske komisije, Sveta, Parlamenta) in držav EU. Nastala je leta 2002 po celi vrsti preplahov v zvezi s hrano konec 90. let prejšnjega stoletja, da bi postala središče znanstvenih ugotovitev in sporočil o tveganjih v prehranski verigi.