Oibríonn EFSA go neamhspleách ar institiúidí reachtacha agus feidhmiúcháin na hEorpa (an Coimisiún, an Chomhairle, an Pharlaimint) agus ar Bhallstáit an Aontais. Bunaíodh é in 2002, i ndiaidh sraith de ghéarchéimeanna bia a tharla ag deireadh na 1990idí, le comhairle eolaíoch a chur ar fáil agus eolas a thabhairt faoi na rioscaí a bhaineann leis an slabhra bia.